「Dreamweaver CS4のサイト定義で一階層上が設定されるバグ」
個人的に使っているCS4ではこの症状は現れませんでしたが、教えている学校のDreamweaver CS4では、選んだディレクトリの一階層上が設定されるというバグが見られました。
国内サイトを探しても有益な解決策が見つかりませんでしたが、海外ではバグとして報告され、アドビのフォーラムでも同様のバグが報告されていました。

解決策としては、手動(パス打ち込み)で設定するか、意図的に一階層下のディレクトリの設定することによって可能です。
これは私も行っていましたが、もっと根本的な解決策は無いのものかと考えながら続きを読むと、アドビフォーラムで報告されていました。

http://dwcourse.com/dreamweaver/windows-bug-local-root-folder.php
http://forums.adobe.com/message/2197998

報告では、この症状はCS4だけでなく全てのバージョンで、VistaのSP2で発生するとのことです。
現在のところ解決策は無いようですが、「サイト定義は毎日のことじゃないので、ガマンできるよ、」と結ばれていました。
しかし、学校で教えるとなると、、そうはいかないんですね。
生徒は、先生よりもソフトを信じる傾向にあるし、特に初心者にはバグというものを感覚的に理解できないので。。

※この件に関して情報をお持ちの方はお教えください。
※誤訳や解釈違いの可能性がありますので、原文をご一読ください。