Mayaのバグか設定か分からないが、標準のHumanIKを読み込んで体系に合わせて編集した後に保存して、再度ロードするとスケルトンが元に戻っている。
バインドまで行うと問題無いが一先ずの回避策はアンドゥを数回行いオープン直後の状態にすること。
How to fix it? How to continue after saving the skeleton?
Just undo 4 to 5 times (until hikDefinitionFileNewCallback;).
Maya Problem?: HumanIK doesn’t save edited figure before Bind of the skeleton.